Après la victoire des Turcs sur les Espagnols en 1574, la Tunisie devint une province de l´Empire ottoman qui accéda peu à peu à une autonomie de fait sous les premiers deys, les beys de la dynastie mouradite et ceux de la dynastie husseinite.
Sous les deys et les beys les juifs jouèrent un grand rôle dans les échanges commerciaux avec l´étranger. En relation d´affaires avec l´Europe, ils sont des intermédiaires efficaces dans la rédemption des chrétiens capturés par les corsaires barbaresques et réduits en esclavage. Ils sont les seuls à exercer les métiers d´orfèvre, de bijoutier et de joaillier, mais exercent aussi, comme les musulmans, ceux de tailleur, teinturier, cordonnier ou menuisier. Les souverains
font souvent appel à eux, leur confient même le monnayage de l´or et de l´argent.
Aux XVIIe et XVIIIe siècles, les juifs faisaient toujours l´objet de mesures discriminatoires : la chechia qui leur servait de coiffe devait être de couleur noire à la différence de celle des musulmans, rouge. Les juifs italiens qui s´habillaient à l´européenne, portaient des chapeaux ronds comme les marchands chrétiens mais au début du XIXe un bey leur imposa le port d´une calotte blanche. Les juifs étaient toujours astreints au paiement de la capitation. Ils devaient s´acquitter d´impositions supplémentaires chaque fois que le Trésor du prince était en difficulté. De plus, ils étaient périodiquement requis d´accomplir des travaux d´utilité publique et se voyaient imposer des corvées. A la fin du XVIIIe Hammouda Bey alla jusqu´à leur dénier le droit d´acquérir et de posséder des propriétés immobilières.
De nombreux juifs d´origine espagnole ou portugaise établis à Livourne entretenaient des relations commerciales avec la Tunisie, où certains venaient résider et faire souche. Ces « Livournais » ou Grana se firent de plus en plus nombreux au cours du XVIIe siècle et prirent une large part aux activités de la population juive. Comme dans le passé ils pouvaient professer leur religion sans entraves, s´organiser en communautés pour faire face à toutes leurs dépenses en matière de culte et d´assistance. Cependant, confinés avec les juifs indigènes dans les venelles étroites de la hara de Tunis, les Livournais supportent mal cette promiscuité. La méfiance des autochtones à leur endroit et les incompatibilités de moeurs seront à la source d´une séparation de fait des deux communautés en présence, les Twansa (ou Tunisiens) d´un côté, les Grana (ou Livournais) de l´autre. Véritable schisme qui aura lieu en 1741 : chaque communauté aura désormais ses synagogues, ses écoles, ses boucheries rituelles, son tribunal rabbinique, sa caisse de secours et son cimetière. Dans les autres villes de Tunisie, toutefois, les mêmes institutions communautaires continuèrent à servir l´ensemble de tous les fidèles.
Le XVIIIe siècle vit l´essor des études talmudiques dans toutes les communautés de Tunisie, et plus particulièrement à Tunis. C´est alors que les juifs de Tunis se rendront à Livourne pour faire imprimer, parrainés par des mécènes tels les Roa et les Chemama, les oeuvres manuscrites de leurs maîtres. Plus de cent ouvrages verront le jour du XVIIIe au XIXe siècle, à une cadence annuelle de deux à trois volumes.
Lorsque les imprimeries juives locales commencèrent à fonctionner, on imprima sur place des oeuvres traitant pour la plupart avec maîtrise et érudition, de commentaires talmudiques et de casuistique. De savants rabbins, tels Itszhak Lumbroso (mort en 1752), Messaoud El Fassi (mort en 1774) et Uziel el-Haïk (mort en 1810) ont attaché leur nom à des oeuvres qui furent imprimées à Livourne bien après leur mort. Rappelons que c´est en 1768 que fut imprimé à Tunis le premier livre hébraïque, Zera Itshak du rabbin Itshak Lumbroso. A la fin du XVIIIe, le rabbin émissaire de Hébron, Haïm Yossef David Azoulay, qui séjourna dans le pays des beys, rendra hommage à la science des rabbins de Tunis, « grande ville de savants et d´écrivains. »
Au XIXe siècle, la Tunisie des beys s´ouvre de plus en plus largement aux influences européennes. Le souverain Ahmed Bey (1837-1855) entreprend de moderniser son administration et son armée et inaugure une politique de réformes. En vertu d´un accord signé au cours de l´année 1846, les juifs de Toscane qui se sont établis en Tunisie à une date récente ou qui viendront s´y établir à l´avenir, obtiennent le droit de conserver la qualité de Toscans sans limitation de temps. Cette disposition encourage nombre de juifs de Livourne à venir s´installer en Tunisie où ils constituent, à la différence des Livournais arrivés au XVIIe siècle, une minorité étrangère placée sous la protection du consul de Toscane. La presque totalité des juifs du pays n´en continue pas moins à faire partie des sujets du Bey et à être soumise au statut de dhimmis.
C´est ce statut qui allait être mis en question par ce qu´il faut bien appeler une manifestation de fanatisme. Un cocher juif du nom de Batou Sfez, en état d´ivresse, eut une altercation avec un musulman. Celui-ci l´accusa d´avoir maudit la religion du Prophète. Il n´en fallut pas davantage pour que le cocher juif malmené par une foule fanatisée, fût arrêté, jugé et, conformément au droit musulman qui punit de mort le blasphème, condamné à la peine capitale et exécuté le 24 juin 1857. La rigueur de la peine, sans commune mesure avec la faute imputée, soulève une vive émotion au sein de la population juive. Les consuls de France et d´Angleterre à Tunis en tirent argument pour demander à Mohamed Bey de s´engager dans la voie de réformes libérales, analogues à celles décrétées dans l´Empire ottoman. Des pressions de plus en plus vives amènent Mohamed Bey à proclamer le 10 septembre 1857, sous le nom de Pacte Fondamental, une déclaration de principes accordant de larges garanties à tous : nationaux et étrangers, qu´ils soient musulmans, juifs ou chrétiens. Son successeur, Mohamed es-Sadok Bey y ajoute une constitution en date du 26 avril 1861 qui fit du pays une manière de monarchie parlementaire. Ces textes novateurs mettent fin à toutes les mesures discriminatoires officielles dont les juifs pâtirent dans le passé, en leur reconnaissant les mêmes droits et les mêmes devoirs qu´aux musulmans.
Les réformes introduites par ces beys ne tardèrent pas à grever les finances publiques. Pour y faire face, les beys furent amenés à majorer les impôts en vigueur, en exaspérant les masses. La révolte de 1864 amena le pouvoir à suspendre l´application de la constitution et à donner un coup d´arrêt aux réformes. Mais les juifs n´eurent pas à souffrir d´une remise en vigueur des anciennes discriminations. Pour venir à bout de la révolte populaire, le bey avait dû contracter un certain nombre d´emprunts dont les arrérages pesaient lourdement sur le budget. Ne pouvant plus honorer ses engagements, la Tunisie se vit imposer en 1869 la création d´une Commission financière internationale. Dès lors le pays devint le théâtre de la lutte d´influence des puissances et la pénétration économique de la France, de l´Angleterre et de l´Italie s´intensifia. Un certain nombre de juifs tunisiens qui entretenaient des relations commerciales avec les puissances européennes obtinrent leur protection, ce qui leur permettait, tout en conservant la nationalité tunisienne et le statut personnel défini par le droit mosaïque, de devenir justiciables des juridictions consulaires, à l´égal des ressortissants étrangers, échappant ainsi à l´arbitraire de l´administration beylicale. L´influence de l´Europe s´exerçait également sur le plan culturel. Les enfants des familles de la bourgeoisie tunisoise fréquentaient des écoles protestantes. L´école ouverte à Tunis par l´Alliance israélite universelle en 1878 permit aux familles juives de toutes les classes sociales d´y envoyer leurs enfants. Tout en faisant une place à l´histoire juive et à l´enseignement de l´hébreu, celle-ci dispensait les programmes des écoles françaises. Dès lors s´amorça une évolution de la population juive qui devait s´amplifier sous le Protectorat français institué le 12 mai 1881 par le traité du Bardo.
